根據(jù)中國海關的規(guī)定,只有持有出口許可證的企業(yè)才能從中國出口貨物。如果您的工廠已經(jīng)取得了出口許可證,那么您可以合法地出口貨物到印尼的工廠。至于鎮(zhèn)江報關的問題,您可以選擇委托第三方鎮(zhèn)江報關公司或使用總公司的報關代理,以確保報關流程的順利進行。不過,您還需要注意遵守相關國際貿(mào)易和海關法規(guī),如正確填寫海關申報單、合規(guī)地使用美元等。最好能夠咨詢專業(yè)的貿(mào)易服務機構(gòu)或律師的意見,以確保您的出口業(yè)務合法、規(guī)范。